Chapelle "cachée" (du grec ϰρυπτὸς [kruptos]), comme le précise son nom, la crypte est située sous le chur. Elle n'est accessible que lors de visites de groupes.
Arrivant
du chur par un escalier, avant de pénétrer dans la
crypte, on découvre tout d'abord une crucifixion à taille
quasi humaine placée sur le mur. Il s'agit d'une uvre en
émail réalisée en 1970. Elle a été
offerte à la cathédrale par son auteur Jean Bétourné,
Maître Émailleur à Limoges. Constituée de trois
pièces, l'artiste y a représenté à gauche
du Crucifié, Marie, sa mère, et à droite Saint Jean,
"l'apôtre que Jésus aimait", le seul à l'avoir
suivi jusqu'à la Croix. Sa présence à l'entrée
de la crypte des évêques rappelle que la mort du Christ,
pareille à celle des hommes, va précéder la Résurrection
à laquelle tous sont aussi appelés.
C'est
dans cette chapelle que reposeront pour l'éternité les évêques
d'Évry. Pour cela, vingt-quatre tombeaux y ont été
aménagés à la verticale des marches du chur.
La tradition veut, en effet, que les anciens évêques soient
inhumés dans leur cathédrale. Monseigneur Malbois, premier
évêque du diocèse, y repose depuis février
2017 ainsi que Monseigneur Herbulot, depuis
août 2021. Placés sur les tombeaux des tableaux en émail
sont les uvres de l'artiste limousine Léa Sham's. Ils sont
inspirés des devises des évêques : L'Annonciation
pour
Monseigneur
Malbois
(Viens Seigneur Jésus), les Disciples d'Emmaüs
pour
Monseigneur
Herbulot
(Préparez les chemins du Seigneur).
La colonne supportant l'autel prend appui dans la crypte. Elle est le symbole du lien unissant le diocèse et ses anciens pasteurs (tout comme la basilique Saint Pierre de Rome est édifiée sur le tombeau du premier pape). Sur la colonne, face aux tombeaux, est fixée une pierre provenant de l'église Saint Corbinien de Saint Germain lès Arpajon, lieu de naissance du Saint Patron de la cathédrale.
De novembre 2013 à décembre 2018 deux uvres monumentales de Victor Vasarely y étaient exposées.