Chapelle "cachée" (du grec ϰρυπτὸς [kruptos]), comme le précise son nom, la crypte est située sous le chœur. Elle n'est accessible que lors de visites de groupes.

Arrivant du chœur par un escalier, avant de pénétrer dans la crypte, on découvre tout d'abord une crucifixion à taille quasi humaine placée sur le mur. Il s'agit d'une œuvre en émail réalisée en 1970. Elle a été offerte à la cathédrale par son auteur Jean Bétourné, Maître Émailleur à Limoges. Constituée de trois pièces, l'artiste y a représenté à gauche du Crucifié, Marie, sa mère, et à droite Saint Jean, "l'apôtre que Jésus aimait", le seul à l'avoir suivi jusqu'à la Croix. Sa présence à l'entrée de la crypte des évêques rappelle que la mort du Christ, pareille à celle des hommes, va précéder la Résurrection à laquelle tous sont aussi appelés.

C'est dans cette chapelle que reposeront pour l'éternité les évêques d'Évry. Pour cela, vingt-quatre tombeaux y ont été aménagés à la verticale des marches du chœur. La tradition veut, en effet, que les anciens évêques soient inhumés dans leur cathédrale. Monseigneur Malbois, premier évêque du diocèse, y repose depuis février 2017 ainsi que Monseigneur Herbulot, depuis août 2021. Placés sur les tombeaux des tableaux en émail sont les œuvres de l'artiste limousine Léa Sham's. Ils sont inspirés des devises des évêques : L'Annonciation pour Monseigneur Malbois (Viens Seigneur Jésus), les Disciples d'Emmaüs pour Monseigneur Herbulot (Préparez les chemins du Seigneur).

La colonne supportant l'autel prend appui dans la crypte. Elle est le symbole du lien unissant le diocèse et ses anciens pasteurs (tout comme la basilique Saint Pierre de Rome est édifiée sur le tombeau du premier pape). Sur la colonne, face aux tombeaux, est fixée une pierre provenant de l'église Saint Corbinien de Saint Germain lès Arpajon, lieu de naissance du Saint Patron de la cathédrale.

De novembre 2013 à décembre 2018 deux œuvres monumentales de Victor Vasarely y étaient exposées.